El Estado de Morelos inició en 1996, el monitoreo de la atmósfera de su territorio con el objeto de conocer los contaminantes presentes en el aire, información que ayudaría mas adelante a la toma de decisiones, lo anterior fue posible gracias al apoyo del Departamento del Distrito Federal (D.D.F.), quien facilito su Unidad Móvil de Monitoreo Atmosférico, realizando toma de muestras durante cinco semanas en las siguientes zonas: primer cuadro de la Ciudad Capital, Av. Plan de Ayala y Colonia Buena Vista en el municipio de Cuernavaca, Colonia Tlahuapan en el municipio de Jiutepec y en el municipio de Temixco.

Los xenobíoticos (agentes contaminantes) monitoreados fueron Ozono (O3), Monóxido de Carbono (CO), Óxidos de Nitrógeno Totales (NOX) y Bióxido de Azufre (SO2), asimismo condiciones meteorológicas como: radiación solar, intensidad y dirección del viento, temperatura y humedad.

Con base en estos datos, se determinaron los puntos principales de muestreo de la “Red de Monitoreo Atmosférico del Estado de Morelos” (REDMAEM).

En 1997, nuevamente de manera conjunta con el Departamento del Distrito Federal, se instala y opera el Programa piloto de Monitoreo Atmosférico del Estado de Morelos, que en aquel entonces contaba con dos estaciones manuales de medición de gases; una instalada en el Palacio de Gobierno del Estado registrando Ozono y Monóxido de Carbono y la otra en Tlahuapan Municipio de Jiutepec monitoreando Bióxido de Azufre y Óxidos de Nitrógeno.

Posteriormente con la creación de la Comisión Estatal del Agua y Medio Ambiente en el año 2000, se instalaron 2 estaciones automáticas llevándose a cabo, de manera permanente el monitoreo de los gases contaminantes por medio de una caseta instalada en la parte superior del Palacio de Gobierno, la cual se encuentra equipada con analizadores de Monóxido de carbono, Bióxido de azufre, Óxidos de nitrógeno, Ozono y Partículas menores a 10 micras, además de una torre meteorológica equipada con sensores de humedad relativa, temperatura, presión barométrica (presión atmosférica), velocidad y dirección de viento y radiación solar; y una caseta más instalada en el municipio de Ocuituco (zona de influencia del Volcán Popocatepetl) equipada con equipos analizadores de Monóxido de Carbono, Acido Sulfhídrico, Óxidos de Nitrógeno y Ozono.

Por ultimo, en el año 2006 se adquiere e instala una caseta mas en el Municipio de Cuautla, Morelos equipada con analizadores de Monóxido de carbono, Bióxido de azufre, Óxidos de nitrógeno, Ozono; además de una torre meteorológica equipada con sensores de humedad relativa, temperatura, presión barométrica (presión atmosférica), velocidad y dirección de viento y radiación solar. Es en este año también que se termina el Inventario de Emisiones a la Atmósfera de Fuentes Biogénicas del Estado de Morelos el cual forma parte integral del Inventario de Emisiones a la Atmósfera del Estado de Morelos.