En el ANP se detectaron los siguientes problemas en relación a: limitaciones y restricciones para la conservación y uso de recursos de la reserva, y para el manejo clasificándolos de la siguiente forma:
Contaminación del Agua
La contaminación del agua de los manantiales como la de el río es debida a las siguientes fuentes:
- Las descargas domésticas, semi-industriales e industriales.
- Las descargas de desechos de explotación pecuaria (rural y comercial).
- La presencia de desechos sólidos orgánicos e inorgánicos. Incluyendo en estos a los desechos de envases con sus residuos de algunos agroquímicos utilizados en el vivero dentro de los manantiales; además el uso de agroquímicos (algunos de ellos prohibidos) usados por los cultivadores de berro dentro de la zonas núcleo y cauce del río.
Contaminación del Suelo
La contaminación del suelo y la pérdida del mismo se ha dado por las siguientes causas:
- Establecimiento de asentamientos humanos regulares e irregulares; dentro y alrededor del área sin infraestructura ecológicamente viable.
- Por la acumulación y formación de basureros de desechos orgánicos e inorgánicos como, víidrios, metales, papel y desperdicios de comida.
- Por la extracción de arena y piedra dentro y fuera del río, la deforestación y sobrepastoreo.
Impacto sobre Flora y Fauna
La disminución y desaparición de especies de flora y fauna se ha dado por los siguientes factores:
Deforestación al hacer cambio de uso del suelo, por asentamientos humanos, abrir nuevas áreas al cultivo y por el tránsito incontrolado del ganado.
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Esto ocasiona que las poblaciones silvestres emigren o desaparezcan por la escasez de alimento y abrigo.
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Sobreexplotación, por sobrepastoreo, extracción de madera, cacería ilegal etc.
Salud Pública
En cuanto al aspecto de salud; la contaminación tanto de suelo como de agua lleva consigo una serie de problemas a nuestros cultivos sobre todo si son para consumo humano, como es el caso de algunas hortalizas, el cultivo del berro en el ANP, es de los más redituables en lo que se refiere a su producción, pero también el que con aguas contaminadas lleva consigo organismos microscópicos que transmiten la enfermedad llamada cólera en el ser humano, caracterizada por diarrea frecuente, deshidratación, altas temperaturas y disnea; en la mayoría de los casos provoca la muerte sobre todo en la población mal nutrida e infantil, afectando no sólo a la población local o del Municipio, si no también al Estado e incluso a otros Estados ya que se distribuye a: Puebla, Oaxaca, D.F. Estado de México.
Infraestructura y Equipamiento Urbano
En el aspecto de servicios públicos tales como agua potable, drenaje y saneamiento cuentan con ello algunos asentamientos irregulares lo que aumenta su arraigo en la zona pero la mayoría carecen de él.
Avance de la Mancha Urbana
El crecimiento urbano que se ha acrecentado en los últimos años a dado como consecuencia población emigrante que se ha establecido dentro del amortiguamiento, principalmente en el cauce del río y en las ampliaciones de las colonias vecinas al área, se ha traducido en un mayor deterioro del medio ambiente al no contar con la infraestructura básica urbana, como agua potable, drenaje y servicio de limpia principalmente, lo que se traduce en que los vecinos del lugar arrojan sus aguas residuales a los canales, proliferan los basureros clandestinos y se contaminan los manantiales con actividades cotidianas de la población asentada en estos lugares.
Límite Territorial
Se han establecido construcciones de tipo popular y residencial en el límite y dentro de los terrenos federales. Incluyendo los terrenos ganados al río, (la modificación del cauce del río, da como consecuencia terrenos ganados al mismo, de acuerdo a la ley siguen siendo patrimonio de la nación).
Cultura Ambiental
Este rubro sólo una minoría de los pobladores del ANP, realizan esfuerzos de reforestación y protección de la zona, son poco escuchados por sus vecinos los cuales sin conciencia alguna realizan sus actividades cotidianas sin importar el decremento ambiental en la zona.
Falta de Operación del ANP
La falta de operación dentro del área se ha traducido en una deterioro constante al no existir una Normatividad en cuanto a la explotación de los recursos que se tienen dentro del área. La aplicación de la Normatividad en cuanto a los asentamientos humanos dentro del área de amortiguamiento, el aumento de los niveles de contaminación tanto en el cauce del río como en los canales de riego, y el deterioro de la flora y fauna del entorno.
Marco Legal (cooperación inter-institucional)
Uno de los problemas que se han afrontado, es la falta de cooperación entre algunas instituciones, tanto para la aplicación del marco legal como para la elaboración del plan de manejo en la zona, lo que genera algunas fallas en la aplicación de estos. Es necesaria una mayor coparticipación de las instancias involucradas para obtener los resultados esperados.